谁也不曾料到，Dr.居然成为感染者。当脱去防护服头盔的那一刻起，怪物分泌的毒雾，被Dr.吸入了呼吸道，连同那可怕的病毒一起侵入Dr.身体里。紧急撤离的时候谁也没有发现Dr.的异样。当Dr.痛不欲生得昏迷过去的那一刻起，随同的机械女仆才意识到问题的严重性。机械女仆立即给Dr.打了一发搭载在急救装置中的疫苗。虽然这疫苗也只够维持住Dr.性命推迟身体的变异，毕竟这病毒是毁灭大部分人类的病毒。当一行人来到基地的时候，病毒已经感染了Dr.重要内脏器官，再不使用暴力的抢救方式Dr.可能就因此而死去，变异成那可怕的怪物。
基地的对人界面菲利克斯下达了一个重大的程序指令就是把Dr.改造成半人半机械的生命体，因为这样才能保证Dr.依然还存活着。自动机械推车抬着Dr.的担架来到了一个巨大的玻璃槽，Dr.被小心翼翼的接入氧气，放进了这个玻璃槽。里面开始注入从怪物尸体里提取出来的时空裂变能量，这些能量能抑制住Dr.体内的病毒再次扩散到健康的组织里。但害处就会有极高的辐射，一般的人因此而丧命。就像是癌症化疗一样，虽然能杀死癌细胞，但是也会损伤正常的人体细胞。这时候就要移入机械体来维持住Dr.生命状态。
当清理病毒第一步完成，Dr.被抬入到手术室，接受了第二步人体改造手术。那些损伤的内脏被机械替代品所取代，功能上完全匹敌于人体的技能，甚至更加强劲。有些技能还能释放出特有的激素，就像星级争霸里给机枪兵打兴奋剂一样。手术还改造了Dr.脸部，使他看上更像是一个半人半机械的科学怪人，右眼被完全替代成电子眼，红外线扫描外带激光，能轻易发射激光炮，能瞬间消灭一、二个怪物不成问题。右手也被机械手臂替代。背部携带能量装置供给着Dr.上所有机械体的。
手术非常的成功，改造也进行非常的顺利，虽然有点对不起Dr.，人工界面菲利克斯还是挺满意这一次的改造手术，毕竟这一切都是她安排的。不进行这么彻底的改造，Dr.只能永远躺在病床上度过他的余生。病毒虽然能被清除，但依然会留下后遗症。Dr.被噩梦所侵袭，一次又一次目睹着U99被怪物袭击斯裂，自己也没有幸免于难。
无人工厂正在修复四个机械女仆的身体，身体每一道破碎都被用机械手臂灵巧的修补着，焊接过程中发出刺眼的光芒此起彼伏。这些工序明显要花上很长一段时间。要完全修复这些机械女仆要一周的时间。那些破碎的只剩下半个躯体的机械女仆已经完全没有办法再修复。本来这里基地能造出包括U99在内的13个机械女仆已经是竭尽全力了。
救助Dr.那一次紧急传送花费了巨大能量，传送那些重型单位到指定地点确实是一件非常大的工程。而基地永远缺少足够的能源，因为消灭怪物的所提炼的能量总是小于付出的代价，有时候只能压制一些小型怪物的据点来弥补能量缺口。这个世界越是强大的怪物，所提炼的能源越是多，但相比要消灭花费的投入的资源也更多。有些怪物坚硬的外壳还能用于机械女仆防护甲的修复。所谓的废物利用，即使这个满是怪物的世界只要懂得变废为宝，就能生存下去。
U99的残骸里发出一阵蓝光，这蓝光聚集在一起变成一串谈蓝色小蝴蝶们，慢慢飞舞着穿过了基地的墙壁来到了被噩梦缠身的Dr.病床前。那些谈蓝色的小蝴蝶们变成了U99完好的模样，就跟当初Dr.第一次见面时候看到的一样。只不过这一次是透明的就像是人类的幽灵一样漂浮在Dr.旁边，就像人类女性一样，温柔地伸出自己的小手，轻轻的抚摸着Dr.面颊，本来还是疼苦表情的Dr.慢慢恢复了平静。Dr.梦境中出现U99的小天使模样。小天用手臂从后面怀抱着Dr.身体，让Dr.身心充满了暖意。渐渐的那只可爱慈祥的小天使慢慢地消失变成谈蓝色小光斑，消失在Dr.梦境中。连同漂浮在病床旁的透明幽灵也一起消失不见了。Dr.嘴里轻轻呼唤着U99的名字，但是全身沉甸甸的，完全没有办法让自己的意识恢复，就像是陷入沼泽一样，意识越是挣扎越是陷入深深的黑暗之中。当光斑完全消失那一刻，Dr.眼角留下了一滴眼泪。
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